有机肥料按其养分含量与化学肥料相比，前者是养分种类多，氮、磷、钾、钙、镁、硫和微量元素都有，而后者比较单一，氮素化肥只含氮，磷素化肥只含磷，钾素化肥只含钾，即使是复合肥料也只含氮、磷、钾等有限几种养分。但是，有机肥料所含各种养分种类虽然齐全，其浓度却比较低，以鸡粪为例，它的氮含量约为1.6%，磷含量约为1.5%，钾含量约为0.9%，即100千克鸡粪含氮（N）1.6千克，磷（P2O5）1.5千克，钾（K2O）0.9千克。化肥中尿素含氮46%，即100千克尿素含氮（N）46千克，氯化钾含钾60%，100千克氯化钾含K2O60千克，化肥所含养分浓度比有机肥高得多。有机肥料中含有大量的有机质，这是化肥所没有的。有机肥料施入土壤后要经微生物分解、腐烂后才能释放出养分供作物吸收，化肥则施入土壤后即能发挥作用。所以，有机肥料含养分种类多，浓度低，释放慢；化肥则与之相反，养分单一，浓度高，释放快。两者各有优缺点，有机肥应与化肥配合施用才能扬长避短，充分发挥其效益。
有机肥料的作用有以下两方面：
（1）改良土壤，培肥地力。
有机肥料中的主要物质是有机质，施用有机肥料增加了土壤中有机质的含量。有机质可以改善土壤物理、化学和生物特性，熟化土壤，培肥地力。
（2）增加作物产量和提高农产品品质。
有机肥料中除氮、磷、钾等养分外，还含有多种糖类，氨基酸等物质，不仅可为作物提供营养，而且可以促进土壤微生物的活动。有机肥料还含有多种微量元素，如畜禽粪便每100千克中含硼2.2～2.4克，锌2.9～29.0克，锰14.3～26.1克，钼0.3～0.4克，有效铁2.9～29.0克。有机肥和化肥配合施用增产效果显著，而且能改善产品的品质，使蔬菜中硝酸盐、亚硝酸盐含量降低，维生素C含量提高，增加瓜果中的含糖量。
有的有机肥料改良土壤，培肥地力的作用大一些，如秸秆、草炭、堆肥等等；有的有机肥料则以供应农作物所需养分为主，如人粪尿、鸡粪等等，这种差别主要视不同有机肥料中有机质和含氮量之间的比例而定。有机质的结构物质主要是碳（C），所以这种比例称为碳氮比（C/N），C/N大于30的有机肥料其作用以改土为主，C/N小于30的有机肥料其作用以供应养分为主。作物秸秆的C/N在100左右，施入土中，改良土壤的作用很大，由于所含氮素数量很少，在分解腐烂过程中不仅不能释放出氮素，还要从土壤中吸收氮，秸秆还田时有的地方要加施一点化学氮肥才能加速腐解过程。
使用有机肥的好处可以归纳为以下几条： 1、肥料的有效期长，肥力持久，缓和，无污染是生产有机、绿色和无公害食品的优质肥料。 2、含有多种微量元素，增加土壤有机质含量，疏松土壤，改良土壤，形成高标准农田，是化肥使用到顶后唯一能继续提高产量的重要和必须肥料（在大棚生产中的作用更为突出）。 3、不会造成环境的污染，并且充分利用换可以起到保护环境的作用。 4、减少因生产化肥造成的能量消耗，并能有效的促进植物生长。 5、变废为宝减少了生活垃圾。
（1）有机肥原料来源广，可以就地取材，就地积制，只花工夫，不需投入多少资金，可节省化肥，降低生产成本。 （2）有机肥含有多种营养元素，除含氮、磷、钾等大量元素外，还含有许多作物所需的中量元素和微量元素，能提供全面的所需营养，特别是提供微量元素营养。 （3）有机肥含有机质和腐殖质，能改良土壤结构，协调土壤的水、肥、气、热，增强土壤的通气透水能力和保肥、保水、供肥、供水能力。 （4）有机肥含有生长素、维生素、胡敏酸和氨基酸等有机物质，对水稻营养生理和生物化学过程能起特殊作用，还能提供二氧化碳气体供光合作用之用。 （5）有机肥缓冲性大，可缓和土壤酸碱性变化，可清除或减轻盐碱类土壤对植物的危害。 6）有机肥适用性广，对各类土壤及各种农作物都适用。 此外还可以变废为宝，清洁环境，有利改善生态环境，促进农业可持续发展
“广义上的有机肥”及“狭义上的有机肥”。 广义上的有机肥：俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物组成，如人畜粪便、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。 另外还包括饼肥（菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等）；堆肥；沤肥；厩肥； 沼肥；绿肥等。主要是以供应有机物质为手段，辑此来改善土壤理化性能，促进植物生长及土壤 生态系统的循环。 部分“广义上的有机肥”品种： 堆肥：各类桔秆、落叶、青草、动植物残体、人畜粪便为原料，按比例相互混合或与少量泥土混合进行好氧发酵腐熟而成的一种肥料。 沤肥：沤肥所用原料与堆肥基本相同，只是在淹水条件下进行发酵而成。 厩肥：指猪、牛、马、羊、鸡、鸭等畜禽的粪尿与秸秆垫料堆沤制成的肥料。 沼气肥：在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣。 绿肥：利用栽培或野生的绿色植物体作肥料。如豆科的绿豆、蚕豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科 绿肥有黑麦草、肥田萝卜、小葵子、满江红、水葫芦、水花生等。 作物秸秆：农作物秸秆是重要的肥料品种之一，作物秸秆含有作物所必需的营养元素有N、P、K、 Ca、s等。 在适宜条件下通过土壤微生物的作用，这些元素经过矿化再回到土壤中，为作物吸收利用。 饼肥：菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等。 泥肥：未经污染的河泥、塘泥、沟泥、港泥、湖泥等。 狭义上的有机肥：专指以各种动物废弃物（包括动物粪便；动物加工废弃物）和植物残体（饼肥类；作物秸秆；落叶； 枯枝；草炭等），采用物理、化学、生物或三者兼有的处理技术，经过一定的加工工艺（包括但不限于堆制；高温；厌氧等），消除其中的有害物质 （病原菌、病虫卵害、杂草种籽等）达到无害化标准而形成的，符合国家相关标准（NY 525-2002）及法规的 一类肥料。 有机肥料标准定义(NY 525-2002):主要来源于植物和(或)动物,施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料. 主要技术指标： 外观：褐色或灰褐色，粒状或粉状，无机械杂质，无恶臭。 有机质含量：≥30% 总养分：≥4.0% 水分：≤ 20% 酸碱度(pH)：5.5—8.0 有机肥经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。施用有机肥料不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。 现在，随着科学技术的不断发展，通过有益菌群的人工筛选、分离、驯化培养技术，将有益菌群接入无害化处理后有机肥中，可以生产出多种多样不同品种的生物有机肥，它能改善土质、减少环境污染、增肥增效等。
现在农村很多土地无论怎样加大施肥和灌溉力度，庄稼就是长不好，除了气候因素就是因为长期施用化肥导致的土壤团粒结构不良和土壤偏盐碱所造成。 无机化肥，由于肥力大，储存、运输、施用都很方便，从而改善了农工业生产的劳动力，已被广泛采用。并出现了几乎完全用化肥摒弃和替代了传统的农家肥，由此所带来的问题也不得不令人深思。 对于唾手可得的有机农家肥，只因为它储存、卫生、运输、施用上的麻烦，导致了九成以上的土地不再施用它。农家肥能改良土壤有机腐殖、团粒结构、肥力持久、产品绿色的优点，逐步被只注重眼前省时省力效的人们所忘却——城市里的生活垃圾和粪便也不再是农村种植所青睐的肥源...... 再则，农村普遍有焚烧秸秆和杂草的陋习，根本就不懂秸秆和杂草对改良土壤的作用，也不明白它们潜藏着微酸性长久有机肥力的科学道理。 将绝好的秸秆资源以污染空气为代价把上好的有机酸性肥分物质散发浪费到空中——去换来一点点含磷钾肥的碱性灰烬（难道不烧成灰，磷钾就不存在？）， 只因为不再需要牲畜厩圈的铺垫就这样愚昧地烧掉。 对土地没有长远的“呵护加利用”的耕作理念，只有目光短浅的农业生产的掠夺式经营习俗，不能说不是当今中国农业走入家庭体制后所造成的缺少科学性、长远性的愚昧通病。 ——这是有关部门对农村进行科技普及教育的严重缺失和失职！！！ 养殖业的饲料依赖催长素和避孕药，在种植业过分依赖化肥和激素...只注重眼前的经济利益，漠视了对环境对土地的呵护...更无视人类的口感和健康！ 试问，在你来我往的物资交换中——谁能回避人类自己给自己的惩罚呢？！ 所以，化肥的主导地位给农村劳动力带来了解放，同时也给农村带来了土地对化肥的依赖、带来了土壤板结以及越来越恶劣的无机盐碱化...... 一些因土地逐步板结所造成的欠收甚至失收的问题，已经充分证实了土地已经开始对人类进行了毫不过分的惩罚！ 在农村深入普及科学种田教育，提倡施用农家肥、秸秆还田、合理使用化肥、提倡绿色养殖和绿色种植，已成为涉及民生和子孙万代福祉的严肃问题。 以秸秆还田、有机农家猪牛厩肥和堆沤绿肥做底肥，以猪牛人粪尿水肥和适当的无机化肥做追肥，着眼于土地利用保持自然肥力，才是保持农业可持续发展的科学阳光大道！
